Nastavení WinRARu jsou standardně uložena v Registrech systému Windows, což je vhodná volba ve většině případů, kdy je WinRAR nainstalován a používán na jednom počítači. Je-li WinRAR přenášen na vyměnitelném médiu a příležitostně spouštěn na různých počítačích, může být vhodné - k zamezení ukládání dat WinRARu na těchto počítačích, stejně jako k dosažení stejné konfigurace na všech těchto počítačích - přenášet tato nastavení v textovém souboru spolu s WinRARem.
Za tímto účelem nabízí WinRAR možnost změnit umístění nastavení programu z klíčů registru HKEY_CURRENT_USER\Software\WinRAR a HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\WinRAR do textového souboru WinRAR.ini. Tento soubor lze vytvořit buďto ve složce, kde je umístěn WinRAR.exe, nebo ve složce %APPDATA%\WinRAR. V tomto pořadí WinRAR složky i prohledává.
Konfigurační soubor WinRAR.ini lze příkazem "Vytvořit konfigurační soubor WinRAR.ini" v nabídce "Import a export" přímo ve WinRARu. WinRAR při tom vytvoří nový soubor a zkopíruje do něj stávající nastavení z Registru Windows. K aktivaci takto uložených nastavení stačí soubor zkopírovat do jedné ze zmíněných složek.
Nastavení jsou typicky až do ukončení běhu WinRARu udržována v paměti a až poté jsou uložena do souboru WinRAR.ini.
Data jsou uložena jako textové řetězce v kódování UTF-16LE s rozlišením velkých a malých písmen v následujícím formátu:
<kořenový klíč>\<název klíče>=hodnota
Zde <kořenový klíč> označuje větev registru - HKCU pro větev HKEY_CURRENT_USER, HKLM pro větev
HKEY_LOCAL_MACHINE a Global pro globální nastavení ručně přidaná uživatelem.
Textové hodnoty jsou uzavřeny do uvozovek a binární hodnoty jsou uvozeny prefixem "bin:".
Práci se souborem WinRAR.ini lze řídit několika globálními nastaveními. Je-li povolen zápis do souboru WinRAR.ini, vytvoří WinRAR níže uvedené klíče automaticky na začátku souboru a ke změně nastavení stačí změnit jejich hodnoty za znakem "=". Plánujete-li zápis do konfiguračního souboru zakázat, je třeba potřebné klíče do WinRAR.ini ručně přidat před zakázáním zápisu, vždy jednu hodnotu na řádek. Všechny tyto řetězce v kódování UTF-16LE rozlišují velká a malá písmena a musí být zapsány přesně tak, jak jsou níže uvedeny.
K dispozici jsou následující globální nastavení:
Global\AppData=0
Zamezí WinRARu v používání složky APPDATA%\WinRAR. Všechny soubory, které jsou zde standardně ukládány - například registrační klíč či témata vzhledu - budou uloženy v instalační složce WinRARu. Přejete-li si využívání této složky povolit, změňte tento klíč na Global\AppData=1.
Global\Integration=0
Přestože nastavení z větví registru HKEY_CURRENT_USER a HKEY_LOCAL_MACHINE se nacházejí v souboru WinRAR.ini, WinRAR stále používá větev HKEY_CLASSES_ROOT a jiné oblasti registru, které slouží k integraci WinRARu do prostředí Windows a asociaci WinRARu s podporovanými formáty souborů. To se například děje při použití dialogu nastavení Integrace. Je-li třeba zamezit jakémukoliv ukládání dat do registru, přidejte do souboru WinRAR.ini hodnotu Global\Integration=0. Po aplikaci tohoto nastavení nebude WinRAR schopen měnit nastavení integrace do Windows, včetně vytváření či odstraňování zástupce na Ploše a programové skupiny WinRAR. Uvedením položky Global\Integration=1 lze integraci do Windows naopak povolit.
Global\SaveSettings=0
Zamezí zpětnému ukládání nastavení do souboru WinRAR.ini, takže veškeré změny provedené za běhu WinRARu, budou po jeho ukončení ztraceny. Stejného efektu lze docílit zákazem zápisu do tohoto souboru nastavením přístupových oprávnění na "pouze pro čtení". Chcete-li WinRAR nejdříve nastavit a tato nastavení později chránit před nechtěnými změnami, nabízí se následující postup: nejdříve WinRAR podle potřeby nastavit, poté ukončit a tím nastavení uložit a na závěr ručně přidat nastavení Global\SaveSettings=0. Toto nastavení ovlivňuje i jiné komponenty WinRARu, které svá nastavení načítají ze souboru WinRAR.ini - například rozšíření Průzkumníka Windows již nebude moci reagovat na změny v dialogu Položky kontextové nabídky. Povolit ukládání nastavení do souboru WinRAR.ini lze nastavením Global\SaveSettings=1.