Předpokládám, že by to šlo funkcí "Převést archiv na jiný formát". Jako cílový formát by se zvolil zase formát RAR a nastavilo by se heslo. Na heslo zdrojového archivu by se měl WinRAR zeptat sám.
Rozbalení a opětovná komprese proběhnou stejně, ale aspoň jaksi "neviditelně" :) Přijde na to, zda Vám na té rekompresi vadí čas, který to zabere, nebo nutnost někam rozbalit, a znova nastavit vše pro novou kompresi. To druhé by tento způsob aspoň omezil.