Zkoušel jste přepínač -ep1, "Přepínač -EP1 – odstranit základní složku ze jmen souborů"?
Tou lze odstranit nejvyšší složku z archivované cesty...tedy
1. V aktuální složce (v .bat nastavit příkazem cd) mám soubor Blubber.html a složku Blubb, která obsahuje soubor Blubb.txt podsložky Blubb1, Blubb2.
2. Spustím příkaz winrar a Blubber.rar Blubber.html Blubb\ -r -ep1
Výsledkem je archiv Blubber.rar a v něm soubory Blubber.html, Blubb.txt a složky Blubb2 a Blubb2 (včetně celého svého obsahu).
Je to to, co potřebujete?